薬の服用について

昨年11月から胃の不快感で通院しています。胃カメラをやり逆流性食道炎と診断されタケキャブを服用しています。
タケキャブはかなり強い薬でネットを見ても2週間と書いてあります。長期服用すると胃が萎縮するとも書いてありました。現在、服用して3か月目になります。医者からは1月に入り更に3か月分もらいました。そんなに服用しても大丈夫でしょうか。
また、自分判断で止める期間をもうけても良いでしょうか。